老蒋入主台湾省后，始终坚持一个中国的基本立场，反对任何形式的“台湾独立”，这无疑惹怒了以廖文毅为首的“台独”分子。1961年，他们为建立所谓的“台湾独立共和国”，主谋策划了刺杀老蒋事件。执行这项任务的是一个叫郑松焘的刺客，他曾毕业于日本人办的“台湾警察学校”，1948年赴日本当了一阵子保镖。老蒋知道后怒不可遏，首先决定除掉刺客郑松焘。1961年11月29日，在日本的郑松焘被台湾省派出的3人特工小组暗杀。此后老蒋又把廖文毅的大嫂、侄子廖史豪逮捕，并把廖史豪劝说廖文毅的录音带到日本给廖文毅。1965年3月6日，天天胆战心惊的廖文毅，在东京宣布所谓的“台湾统一战线”解散，并公开放弃“台独”主张。

上世纪70年代，国民党在台湾省的统治逐渐走向内外交困的境地，蒋经国为延续政权的合法性基础，启动了台湾省本土化和民主化进程，特别是在接班人上。关于蒋经国选接班人有个流传甚广的段子，讲的是有次蒋经国上厕所，有士官问起接班人一事，他以浙江方言回复“你等会”，却被士官意会成了“李登辉”。蒋经国选择了李登辉，本意是想借用本土化保住国民党政权一命，却没想到这反而加速了国民党的灭亡和“台独”的兴起。因为自台湾省光复以来，国民党在整个统治过程中积聚了太多的省籍矛盾和族群矛盾，这些矛盾导致部分台湾人在心理上对国家认同产生了严重的排斥，“台独意识”在这样的土壤上开始滋生。1986年9月，台湾省民进党成立，1991年民进党五全大会将“台独”列为其党纲。虽然后来在转型过程中，民进党部分领导人曾提议修改“台独党纲”，但最终在台湾省独特的社会结构和选举文化下，对权力的渴望淹没了民进党的理性，“台独”成了民进党不可撼动的“神主牌”。而伴随着“台独”复活的，显然包括“皇民化”，毕竟塑造日据时期的美好景象一直就是民进党宣扬“台独”的惯用手法。

蔡英文上台以来，完全放弃马英九时期的“友日和陆”策略，转而启用“媚日抗陆”政策，不断加大力度强化对日关系。而日本安倍政府出于“以台制华”的战略考虑，也积极配合蔡英文，推动台日关系不断升级。在“外交”方面打破历史禁忌，指派内阁级官员公开访台；在经济方面与台湾签署多项合作协议，妄图与台构建没有自由贸易协定（FTA）之名却有其实的经济合作框架；在人员往来方面出台多项便利措施，推动台日各项交流进一步密切。而最值得我们警惕的则是台日在军事安全领域的合作。去年4月蔡英文当局宣布，台海军将在现有4艘潜艇基础上，自行建造8艘潜艇。当时就有台绿媒称，日本或将AIP潜艇技术偷偷转移给台军。今年4月台媒爆料称，台军已邀请了日本川崎、长崎重工制造潜艇退休的资深技术人员，担任“潜舰国造”顾问。目前日本已经解除对外军售和军事技术合作的禁令，加之台日之间所谓的“历史情感”，这种可能完全存在。